ההבדל המרכזי בין הוראה רגילה לפדגוגיה טיפולית טמון במטרת העל של התהליך ובקהל היעד: בעוד שהוראה רגילה מתמקדת בהקניית ידע אקדמי והשגת יעדי תוכנית הלימודים עבור כלל התלמידים, פדגוגיה טיפולית (הידועה גם כחינוך טיפולי) מתמקדת במענה לצרכים רגשיים, התנהגותיים או תפקודיים של תלמידים המתמודדים עם קשיים מורכבים, תוך שימוש בכלים חינוכיים כחלק מהתהליך הטיפולי