כת קומראן מי שמכונה "חבורת יחד" או כת מידבר יהודה, היא אחת מכמה כיתות שנוצרו ביהדות בתקופת בית שני. ההיסטוריון המתייוון, יוסף בן מתיתיהו מספר לראשונה על קיומן של שלוש כיתות – פרושים, צדוקים ואיסיים – כאשר הוא מתאר את ימי שלטון יונתן החשמונאי (143-153 לפנה"ס). יש הקובעים את ראשית צמיחתה של הכת בשנת 167 לפנה"ס, עם גזירות השמד של אנטיוכוס הרביעי אפיפאנס. עיקר המחלוקת בתקופת בית שני הייתה על רקע חברתי, יריבות בין עניים לעשירים וביקורת חברתית (עדויות לכך ניתן למצוא בסוף ספר ישעיהו, המכונים ישעיהו השלישי) מחלוקת בעניין שמיטת חובות שדרש נחמיה ופרוש התורה וחידוד החוקים בידי עזרא. בנוסף הייתה יריבות דתית, האריסטוקרטיה הכוהנית בירושלים, שושלת בית צדוק הכהן, הותקפה בנוגע להתנהגותה הפרו הלניסטית ולקביעת לוח שנה. חשיבותו של לוח השנה היה חשוב עוד בימי בית ראשון, עדות לכך ניתן לראות בלוח גזר. בתקופת שלמה המלך שימשה גזר עיר מחוז שבה ישבו לויים ששרתו את המלך בתפקיד מנהלי, לוח גזר מוגדר כתעודה המציגה באופן כרונולוגי את העונות החקלאיות העיקריות בשפלת יהודה בתקופת המקרא, כבסיס לגביית מס בשם המנהל המלכותי. לדברי א' דרקהיים, לוח שנה קבוע מסמל את קצבן של הפעולות הקולקטיביות ועם זה תפקידו להבטיח את סדירותן. מכאן משתמע, שקביעת לוח השנה מתווה על קווים בחיים הדתיים והכלכליים של אותה חברה. קביעת זמני השבת, החגים, העליות לרגל, צום יום הכיפורים וזמני הקרבת הקרבנות. בתקופת בית שני החברה היהודית ברובה התקיימה מחקלאות ולוח השנה היה משמעותי לזמני הזריעה והקצירה ואופן הטיפול בצומח. חשיבות זו של לוח השנה לחיים של חברה חקלאית ידוע שהיה קיים עוד מימיה העתיקים של מסופוטמיה ובממלכה הפרסית. על המחלוקת הצביע בראשונה שמריהו טלמון (תשנ"ח), קביעת הלוח היא אינדיקציה מובהקת לסמכות שלטונית ומורה על סדרי החיים של חברה. בישראל התעוררו מחלוקות סביב הסמכות לקביעת הלוח והעיבור בימי הבית השני ולאחר מכן. הלוח המיוחד היה אחד ממרכיבי הזהות הבולטים של קבוצה פורשת, היא עדת "היחד" כפי שניכר למשל בברית דמשק ובפשר חבקוק. המחלוקת ניכרת גם בדברי חז"ל. עדויות נוספות למחלוקת, שאינן שייכות באופן ישיר לתולדות העדה, ישנן בספר חנוך פרקים פ, ב, ובספר היובלים פרק ו. העובדה כי הלוח בן 364 יום התגבשה כמושג כיתתי, ששימש מכשיר לגיבוש זהותה של הכת. כידוע, אנשי כת "היחד" דבקו בלוח שנה שמשי של 364 יום, וחלקו ללא פשרות על הלוח הירחי של 354 יום שנהוג בכנסת ישראל. פולמוס הלוח שהוזכר במפורש או נרמז בכתבים רבים ובקטעי כתבים שנתגלו במערות קומראן, היה גורם חשוב ואולי החשוב מכולם, שהביא לידי פרישת "היחד" מן הזרם הראשי ביהדות בשלהי בית שני. לא נמצאו ידיעות בדבר מחלוקת חריפה מעין זו בעניין הלוח בין קבוצות ממוסדות אחרות במאות השנים שלפני החורבן ואחרי החורבן של בית המקדש השני. למרות פער הזמנים בין הכתבים של עדת הבאים בברית החדשה, שרובם התחברו בימי בית שני ובין מסורת חז"ל שהשתמרו במקורות לאחר החורבן, משתקפים עקבות המחלוקת בדבר חשבון לוח השנה שהחריפה במיוחד בדורות האחרונים של תקופת בית שני. נאמני שני הפלגים טענו כי להם, ורק להם, גילה האל את סוד הסדר הנכון והמחייב בלעדית של מהלך תקופות השנה ומועדי החגים. וכדברי הנביא ישעיהו פרק ה, פס' 20 האשימו אלה את אלה כי הם "שמים חשך לאור ואור לחשך". נאמני "היחד" הוזהרו "שלא לקדם עתיהם ולוא להתאחד מכל מועדיהם" ( סרך היחד א 13-15), אותה הלשון חוזרת בקטע של ברית דמשק מקומראן. לוח השמש של 364 ימים מונח גם ביסודו של ספר היובלים ושל "החיבור האסטרונומי" הכלול בספר חנוך החבשי. יש להדגיש כי בספר היובלים ובמיוחד בספר חנוך הדיונים בלוח השנה סובבים על היבטים אסטרונומיים ועל עיקרי אמונה, ואילו בכתבים של עדת "היחד" תשומת הלב נתונה קודם כל ליישום לוח השמש הלכה למעשה בסדרי פולחן ובמערכות חיים בכלל. בכך טמונה הסיבה המכרעת להבדלי חישובים בפרטי הלוח בין הספרות הייחודית של "באי הברית החדשה", כמו ברשימות של סדרי השירות של משמרות הכוהנים בבית המקדש, והספרים החיצוניים. רוב רובם של כתשע מאות המגילות וקטעי המגילות שנמצאו במאגר שבמערות קומראן שרדו מעותקי יצירות שהן חלק מהמורשת הספרותית של כנסת ישראל בימי בית שני, כגון מגילות ספרי המקרא, מחזורי תפילות וספרות חכמה. יצירות אלה אינן מתייחדות עם עיקרי האמונה של עדת "היחד". אם כך, האזכור המפורש של לוח השמש או ההתייחסות אליו והדיון נגד לוח הירח בכתבים ובקטעי כתבים ששרדו בקומראן הם הערך המזהה של כת "היחד" וכמזהה של דעות ואמונות המאפיינות את עולם ההגות וסדרי הארגון החברתי של העדה. אנשי הכת מציגים עצמם "...כחוליה החדשה בשרשרת הדורות של תקופת המקרא שנותקה עם חורבן הבית הראשון, והטענה שעתה חזר האל וחידש עם עדתם את בריתו עם עם ישראל מקדמת דנא (מגילת ברית דמשק א 1-10). תהליך הקנוניזציה של התנ"ך, וקידוש הספרים, היה תהליך ארוך והדרגתי עליו ניתן לקרוא כבר בספר דברים פרק לא, פס' 22-26 שם נאמר כי ספרי התורה, חמישה חומשים, נכתבו על ידי משה. החלק האחרון בתהליך הקנוניזציה המוזכר בתנ"ך נמצא בספר עזרא שנדרש לסגל את חוקי התורה ברוח שלטון הכהונה שהיה נהוג בימים ההם ביהודה. לדוגמה: התורה אסרה על נישואי תערובת עם שבעת עמי כנען, באו עזרא נחמיה ומלאכי והרחיבו וכללו באיסורים את העמים השכנים בתקופתם. התורה שגזרה על עבודה חקלאית בשבת, נחמיה וישעיהו אסרו גם את המסחר באותו יום. ניתן לשער על סמך מוצאם של עזרא ונחמיה, מהתפוצה המזרחית של מסופוטמיה ופרס. ביקרמן (1978) כתב שבתקופה זו לאחר 150 שנות גלות, צמח טיפוס חדש של יהדות שהתאפיין ביכולת לפרש מחדש את חוקי התורה תוך יישום החוקים העתיקים של חברה חקלאית בחברה של בעלי מלאכה וסוחרים. החברה היהודית הצטיינה בסולידריות הדתית, האופיינית לקהילה בגלות. אופי זה בולט בדרישת נחמיה לשמיטת חובות, אותה סולידריות מובילה להסתגרות מפני זרים ומכאן גרוש הנשים הנוכריות. אולם בלב המחלוקת עמדה היריבות הדתית, המפלגה האריסטוקרטית הכוהנית הותקפה שוב ושוב על מנהגיה האליליים ונישואי התערובת שרווחו בקרב אנשיה, ראיה לכך ניתן למצוא בישעיהו פרק סו פס'3, מלאכי פרק ב פס' 1-12. רוב ההאשמות שהופנו לאריסטוקרטיה הירושלמית, בראשות הכוהנים בני צדוק, שהתגבשה ככיתת ה"צדוקים", אלו עבירות שנעשו מתוך מדרש החוק הכתוב של התורה על ידי התנועה העממית, יורשת המנהגים של הקהילה היהודית בגולה ולכן שואפת להיבדל מן הזרים. מאוחר יותר תיוודע התנועה העממית ככיתת ה"פרושים", שורש פ.ר.ש מקביל לשורש ב.ד.ל של העברית המקראית (השורש ב.ד.ל מופיע בד"כ בנפעל בספרי עזרא, נחמיה וישעיה). מוצא כת ה"איסיים" מזוהה עם כת קומראן, ניתן למצוא לכך עדות בספר בן סירא ובספריו של יוסף בן מתיתיהו. על פי חז"ל (תלמוד בבלי, מסכת בבא בתרא, דף י"ד עמוד ב) אחרון הספרים במקרא נכתב בערך בשנת 450 לפנה"ס בזמנו של עזרה הסופר וסיעתו. ברוח שלטון הכהונה שנקבע בימי שיבת ציון ביהודה והיה צריך לסגל את חוקת האוטונומיה הדתית שבראשה עמד הכהן הגדול בירושלים לתורה ולאופייה של הממלכה הפרסית שלהם היו כפופים. לדעת רוב החוקרים בני ימינו חתימת הקאנון היהודי, ספר המקרא, התנ"ך, מתוארכת לשנת 70 לספירה, זמן חורבן בית המקדש השני, שהיווה כאחד הזרזים לתהליך הקנוניזציה. זרז נוסף לחתימת התנ"ך הינה העובדה שבין השנים 300 לפנה"ס עד 150 לספירה נכתבו ספרים חיצוניים כיתתיים שיצאו נגד היהדות הפרושית וההלכה שהייתה מקובלת, דוגמה בולטת הינו ספר היובלים שנכתב במאה השנייה לפנה"ס וקורא תיגר על לוח השנה הירחי המקובל. כת מדבר יהודה המוכרת לרוב החוקרים ככיתת האיסיים, מקדשת ספר זה וקוראת לו בשם התורה השנייה. ויש הטוענים ששימש בסיס לעבודת המשמרות בבית המקדש בידי הכוהנים בני לוי, שומרי משמרת הקודש. בכתבים הנוצריים נכלל ספר זה ולוח השנה הנהוג הוא של 364 ימים המחולקים ל52 שבועות בדיוק. עקב חששם של הפרושים כי ספרים אלו יוכרו כמקודשים הזדרזו הפרושים לחתום את הקאנון ואף להוסיף ספרים שהיו שנויים במחלוקת והעיקר שלא תישאר סוגיית הקאנון ללא הכרעה. הגישה הלא פוליטית שאימצו הפרושים בתקופה שקדמה למרד נגד הרומאים, הביאה בסופו של דבר להצלחתם. הפרושים שהוכיחו את נאמנותם לשליטים ולא היו מעורבים או מזוהים עם המוסדות הפוליטיים של ירושלים, הצליחו להתגבר על אסון החורבן בשנת שבעים לספירה יותר מהקבוצות האחרות כגון הצדוקים או האיסיים. החלטתו של רבן יוחנן בן זכאי לעבור את הקווים למחנה הרומי בשיאו של המצור אפשרה כעשר שנים לאחר החורבן, לרבן גמליאל לזכות להכרה מצד הרומאים בהנהלת הישיבה ביבנה. ההטמעה שהטמיעו החוגים הפרושים את ענייני הדת ויישומם מחוץ למקדש אפשרה להם גמישות מרבית במצב החדש שנוצר כתוצאה מהחורבן. ניסיונם בפירוש התורה להלכה עוד מימי שיבת ציון והסתגלותם הפוליטית ויחס הפיוס וההשלמה עם השלטון (בימיו של הורדוס ובימי הרומאים) תכונות שנעשו קווי אופי של הפרושים ולרבות הימים הפכו להיות הגישה היהודית הנורמאטיבית.